安徽中医药大学创建于1959年，它的前身为1952年创立的安徽省中医进修班(学校)。
1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，由郭沫若先生题写校名。
1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。
1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。
2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。
2005年以良好成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。
2009年学校以优异成绩全国第三家通过国家教育部中医学专业试点认证。
2011年，安徽省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。
2013年，经中国教育部批准，安徽中医学院升格更名为安徽中医药大学 。
2014年，学校成为安徽省高等教育振兴计划第二批“地方特色高水平大学建设”项目立项建设高校。